Hầu hết các nhà quan sát đều trông chờ chính quyền của Tưởng Giới Thạch cuối cùng sẽ phải đáp lại một cuộc đổ bộ của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa vào Đài Loan và Hoa Kỳ vào lúc ban đầu cho thấy không có lợi ích nào trong việc hỗ trợ chính phủ Tưởng Giới Thạch vào giai đoạn cuối của cuộc chiến. Về sau đã thay đổi hoàn toàn với sự khởi đầu của cuộc Chiến tranh Triều Tiên vào tháng 6 năm 1950. Tại thời điểm này, việc đảng Cộng sản giành được toàn bộ chiến thắng đã trở thành một chính sách chính trị không thể nào lật ngược của Hoa Kỳ, và Tổng thống Hoa Kỳ Harry S. Truman ra lệnh Hạm đội 7 tiến vào eo biển Đài Loan để ngăn chặn việc hai bên tấn công lẫn nhau.[49]

Tháng 6 năm 1949, Trung Hoa Dân Quốc tuyên bố "đóng cửa" tất cả các hải cảng tại Trung Quốc đại lục và sử dụng lực lượng hải quân để cố gắng ngăn chặn tất cả các tàu thuyền nước ngoài ra vào. Việc đóng các chỗ yểm trợ từ một điểm phía bắc cửa sông Dân ở tỉnh Phúc Kiến tới cửa sông Liêu ở Mãn Châu. Toàn bộ hệ thống đường sắt của Trung Quốc đại lục tỏ ra kém phát triển, giao thương Bắc-Nam phụ thuộc rất nhiều vào đường biển. Hoạt động hải quân Trung Hoa Dân Quốc cũng gây khó khăn nghiêm trọng cho ngư dân Trung Quốc đại lục.[50]

Sau khi Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa thành lập, một nhóm quân đội gồm khoảng 12.000 binh lính Quốc dân Đảng chạy sang Miến Điện và tiếp tục phát động các cuộc tấn công du kích vào miền nam Trung Quốc trong sự kiện Cuộc nổi dậy của người Hồi giáo thuộc Quốc Dân Đảng tại Trung Quốc (1950-1958). Lãnh đạo của họ, tướng Lý Mi, được trả lương bởi chính phủ Trung Hoa Dân Quốc và được phong tặng danh hiệu Thống đốc Vân Nam. Ban đầu, Hoa Kỳ hỗ trợ các nhóm tàn quân và Cơ quan Tình báo Trung ương (CIA)cung cấp viện trợ cho họ. Sau khi chính phủ Miến Điện kêu gọi Liên Hiệp Quốc vào năm 1953, Mỹ bắt đầu gây sức ép với Trung Hoa Dân Quốc rút hết quân ra khỏi Miến Điện. Đến cuối năm 1954, gần 6.000 binh lính đã rời khỏi Miến Điện và Lý Mi tuyên bố giải tán quân đội của ông. Tuy nhiên, vẫn còn hàng ngàn nhóm khác vẫn tiếp tục ở lại, và Trung Hoa Dân Quốc tiếp tục tiếp tế và chỉ huy họ, thậm chí bí mật cung cấp tiếp viện quân sự vào thời gian này.

Sau khi Trung Hoa Dân Quốc than phiền với Liên Hợp Quốc chống lại việc Liên Xô ủng hộ Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, Đại hội đồng Liên Hiệp Quốc thông qua Nghị quyết 505 được ban hành vào ngày 1 tháng 2 năm 1952 để lên án Liên Xô về việc này.

Mặc dù xem đó là một trách nhiệm quân sự của Hoa Kỳ, Trung Hoa Dân Quốc coi Đài Loan tại tỉnh Phúc Kiến là một căn cứ quan trọng đối với bất kỳ chiến dịch nào trong tương lai để đánh bại Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa và tái chiếm Trung Quốc đại lục. Ngày 3 tháng 9 năm 1954, Cuộc khủng hoảng eo biển Đài Loan lần thứ nhất bắt đầu xảy ra khi Giải phóng quân Trung Quốc chuẩn bị tiến hành việc pháo kích Kim Môn và đe dọa đánh chiếm Quần đảo Đại Đông.[50] Ngày 20 tháng 1 năm 1955, Giải phóng quân Trung Quốc tiến công Đảo Nhất Giang Sơn khiến cho toàn bộ 720 binh sĩ Trung Hoa Dân Quốc đồn trú chết hoặc bị thương trong khi bảo vệ đảo. Ngày 24 cùng năm, Quốc hội Hoa Kỳ đã thông qua Nghị quyết Formosa của Tổng thống cho phép bảo vệ hải đảo của Trung Hoa Dân Quốc.[50] Cuộc khủng hoảng eo biển Đài Loan lần thứ nhất đã kết thúc vào tháng 3 năm 1955 khi Giải phóng quân Trung Quốc tuyên bố ngừng bắn phá. cuộc khủng hoảng này đã được đưa ra thảo luận trong Hội nghị Bandung.[50]

Cuộc khủng hoảng Eo biển Đài Loan lần thứ hai bắt đầu vào ngày 23 tháng 8 năm 1958 với sự giao chiến giữa các lực lượng quân đội gồm hải, lục, không quân giữa Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa và Trung Hoa Dân Quốc, dẫn đến trận pháo kích dữ dội ở Kim Môn (của Trung Quốc) và Hạ Môn (do Trung Hoa Dân Quốc), giao tranh kết thúc vào tháng 11 cùng năm đó.[50] Các tàu thuyền tuần tra của Hải quân Trung Quốc bị phong tỏa tại hòn đảo từ tàu tiếp tế của Trung Hoa Dân Quốc. Mặc dù Hoa Kỳ đã bác bỏ đề nghị đánh bom vào vị trị các khẩu đội pháo Trung Quốc đại lục của Tưởng Giới Thạch, thay vào đó chuyển sang cung cấp máy bay chiến đấu, tên lửa đối không và tàu tấn công đổ bộ cho Trung Hoa Dân Quốc. Ngày 7 tháng 9, Hoa Kỳ hộ tống một đoàn tàu tiếp liệu của Trung Hoa Dân Quốc và Giải phóng quân Trung Quốc tự kiềm chế để không xảy bất cứ hành động khiêu khích nào nhắm vào Hoa Kỳ. Ngày 25 tháng 10, Trung Quốc công bố "lệnh ngừng bắn trong ngày" cho biết họ sẽ chỉ bao vây Kim Môn vào ngày lẻ.

Mặc dù đã kết thúc sự thù địch, nhưng hai bên chưa bao giờ ký kết bất kỳ một thỏa thuận hoặc hiệp ước nào để chính thức chấm dứt chiến tranh.

Đến năm 1971, sau khi Mỹ và Trung Quốc đạt được thỏa thuận, Đài Loan bị mất tư cách thành viên Hội đồng bảo an cũng như thành viên Liên Hiệp quốc, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa thay thế vào vị trí đó.

Đến năm 1984, Trung Quốc và Đài Loan sẵn sàng nối lại mối quan hệ như trước đây thông qua việc buôn bán và đầu tư đang ngày càng lớn mạnh. Tuy vậy, eo biển Đài Loan vẫn là một điểm sáng tiềm năng, thường xuyên liên kết trực tiếp với đại lục thông qua đường hàng không được thành lập vào năm 2009.[6]Cuộc khủng hoảng Eo biển Đài Loan lần thứ ba leo thang căng thẳng trong hai năm 1995-1996 giữa hai bên khi Trung Quốc cho thử nghiệm một loạt các tên lửa nằm ở vị trí cách không xa Đài Loan, sự kiện này được cho là do Bắc Kinh thăm dò phản ứng nhằm thay đổi cuộc bỏ phiếu ủng hộ của Quốc dân Đảng, hiện đang phải đối mặt với thách thức từ Đảng Dân Tiến đối lập trong một cuộc tranh luận về quan điểm "Chính sách Một nước Trung Quốc" do CPC và Quốc dân Đảng đưa ra.

Thông qua cuộc bầu cử năm 2000 của ứng cử viên Đảng Dân chủ Tiến bộ Trần Thủy Biển, là thành viên không thuộc Quốc dân Đảng đã giành được chức tổng thống lần đầu tiên tại Đài Loan. Vị Tổng thống mới này đã không tham gia vào quan niệm về ý thức hệ dân tộc Trung Quốc của Quốc dân Đảng và Đảng Cộng sản của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa. Điều này dẫn đến căng thẳng giữa hai bên, mặc dù thương mại và các mối quan hệ khác tiếp tục gia tăng.[51]

Kể từ khi cuộc bầu cử của Tổng thống Mã Anh Cửu (KMT) vào năm 2008, mối quan hệ nóng dần lên đã được nối lại giữa Đài Bắc và Bắc Kinh thông qua việc trao đổi cấp cao giữa các đảng cầm quyền của cả hai nước như chuyến viếng thăm Phiến Lam năm 2005 hoặc hội nghị thượng đỉnh Trần-Giang.